ChIP-seq法

総合外科の深澤先生が 「AP4 is a mediator of epithelial-mesenchymal transition and
metastasis in colorectal cancer.」J Exp Med. 2013;210:1331-50.を抄読してくれました。私自身の勉強不足でAP-4という転写因子を知りませんでした。c-MYCの下流にあり、p21を低下させるようです。stemのmarkerではLGR5やCD44の発現を上昇、EMTではsnailやvimentinを亢進、E-cadherinを抑制し、結果として癌の転移や浸潤を促進させていました。ChIP-seq法で、AP-4のDNA結合部位は転写開始部位とは通常予想されていた1kbpよりもかなりはなれた所にもあり、また、この結合部位はc-MYCの結合部位と極めて類似したパターンでした。ChIP-seq法を論文では時々見ていましたが、よくわかっていなかったのでとても勉強になりました。免疫沈降で回収したDNA断片を次世代シークエンサーで転写因子のDNA結合部位をみつける方法でした。当院の研究センターでもこうした実験を開始したようです。