Patterns and processes of somatic mutations

今日は、私がBMC Med Genomics (in press)の「Patterns and processes of somatic mutations in nine major cancers」を抄読しました。CellやNatureにでていたTCGAなどの超有名な次世代シークエンスprojectからのSingle Nucleotide Variation (SNV)を素dataとし、これをNonnegative Matrix Factorizationを使って解析していました。これは数学的にシンプルな定式化で頻出するパターンを自動的に解析する手法のようです。残念ながらbioinformaticの内容なので、細かい方法論は私には理解できませんでした。主に５つのsignatures [S-signature: smoking-related signature (mutagen-driven)、UVA- and UVB-signatures: sun-exposure related signatures (mutagen-driven)、The K-(kataegis) signature、The L-(low level MSI or MSS) signature、The non-CGI-signature: C→T in CG dinucleotides in non-CpG island regions]で、9つのmajorな癌種を分類していました。kataegisは短い配列に立て続けに変異が入るもので、activation-induced deaminase(AID) 遺伝子やAPOBEC遺伝子ファミリーによる遺伝子修復機構と関連しています。肺扁平上皮癌は5つに分類されSとKのsignatureが、肺腺癌は4つに分類されSとKとnon-CGIのsignatureが認められていました。とてつもない遺伝子変異情報をこのように整理していくことで、発癌のメカニズムをある程度絞れるようです。逆に、それぞれの腫瘍に対する薬物療法はまだまだ追いつけない気がして、mutagen-driven因子（タバコや紫外線）を避ける予防の大切さがよくわかります。実は題にひかれて、「APOBEC3B gene overexpression in non-small-cell lung cancer」 Biomed Rep.2014;2:392-395.を読んだのですが、少し物足りなくてこのBMCを追加しました。結果的にとても疲れました。