シングルセル解析

昨日は私が「Single-Cell Analyses Reveal Diverse Mechanisms of Resistance to EGFR Tyrosine Kinase Inhibitors in Lung Cancer. Cancer Res. 2021 Sep 15;81(18):4835-4848」を抄読しました。EGFR-TKI感受性株とその耐性細胞株を使用して、single-cell RNA-seqとsingle-cell ATAC-seqを施行した論文で、最後に4例のEGFR-TKI耐性患者さんでsingle-cell RNA-seqを行いました。ATAC-seqはオープンクロマチン領域の情報（転写因子など）が得られます。これまで報告のあったAURAK、VIM、AXLの他にCD74（本来はHLA class II MHCと結合して免疫応答の抗原提示を調節するものですが、近年はROS1融合遺伝子のパートナーのひとつとしても有名）がup-regulationしていることを見出しました。RNA-seqでは耐性度により様々な遺伝子が変化し、臨床検体でも異なる遺伝子群によるクラスターが出現していました。分子標的治療のsequence治療だけでは、EGFR遺伝子肺癌の根治は難しいことがわかります。